羊水栓塞与血栓有明显的不同，血栓主要是机械性的阻塞血管而导致器官的缺血缺氧。羊水栓塞可以引起过敏样综合征、肺动脉高压、弥散性血管内凝血、炎症损伤、休克、肾功能衰竭等一系列病理生理变化，主要是因为羊水及其内容物进入了母体的血液循环，过敏性综合症使羊水的抗原成分引起的。

变态反应主要是表现过敏引起支气管粘膜分泌亢进、肺功能受损，引起肺血管痉挛。肺动脉高压主要是血栓样作用，堵塞血管而导致心脏负荷加重，出现心力衰竭，弥散性血管内凝血可以导致凝血功能障碍而引起大量出血，继而出现休克、炎症的损伤，主要是激活了体内的炎症反应系统，导致多器官功能损伤。