孕酮低主要由于两类原因：

一、由于某些疾病导致的整体激素的分泌，例如甲状腺功能减退。

二、由于某些激素的增高抑制了孕激素的分泌导致的孕酮低。

常见引起孕酮低的疾病有甲状腺功能减退、黄体功能不足、多囊卵巢、高泌乳素血症等。在非孕期孕酮低可以导致月经周期的紊乱，异常的子宫出血需要在排卵后进行孕激素的补充，孕早期的孕酮低可以引起流产，在孕早期需要进行孕激素补充，至孕12周胎盘形成后开始代替卵巢分泌孕激素后，则明显好转。