羊水过多合并胎儿畸形要如何处理，取决于以下几点：

第一，羊水过多是否是由目前发现的胎儿畸形所造成的。

第二，胎儿畸形出现的原因，如果是明显的染色体疾病导致的胎儿畸形，是无法治疗的。除胎儿畸形以外，还可以存在其他多种并发症，对新生儿以及家庭的影响，往往是不可避免的，建议引产终止妊娠。

如果胎儿畸形并非有染色体疾病所导致，并且新生儿出生以后，可以通过手术或者药物治疗的方式，得到治愈，对远期的胎儿生长发育不会产生明显的影响，可以定期的随访观察，待胎儿出生以后，再进行处理。