单纯性肾囊肿大部分不需要治疗，定期复查或密切监测即可。但当囊肿直径大于4-5cm 可以考虑治疗，较小的囊肿可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法。将囊肿内的液体完全抽出，然后注入硬化剂，从而使得囊壁不再分泌液体，从而达到治疗的目的，但该方法复发率较高，而且对囊肿的大小、位置均有较高的要求，受到了一定的限制。对于直径较大的囊肿，或囊肿位于不宜穿刺的部位，临床上可以通过腹腔镜下囊肿去顶减压的手术方式治疗。若囊肿出血、发生癌变或一些复杂性囊肿则需进行手术治疗。

单纯性肾囊肿是肾脏的良性疾病，既往一直认为单纯性肾囊肿是不会影响肾功能的，但最近的研究显示有肾囊肿的患者较没有肾囊肿患者的血肌酐水平要高，而且囊肿的数目越多，肌酐水平越高，因此单纯性肾囊肿的患者应定期进行复诊，检查肾囊肿的大小及血肌酐水平的变化。 另外，单纯性肾囊肿与多囊肾是两种疾病，多囊肾是一种遗传性疾病，往往会导致尿毒症，这两个疾病需要区分对待。

单纯性肾囊肿通常无症状，大部分在行腹部的影像学检查比如B超、CT时发现。 但当囊肿压迫引起血管闭塞或尿路梗阻时，也可出现血尿、腰痛、感染、肾盂积水、高血压等表现。当囊肿逐渐增大，出现肾脏包膜牵扯，有时也可以出现腰部的隐痛不适，囊内有出血，可以出现血尿，甚至肉眼血尿。 当单纯性肾囊肿的超声表现为单个或多个圆形或类圆形低回声区，囊壁光滑、无间隔以及囊内无碎片。囊腔内若超声显示不清，可以行CT检查帮助诊断可有助于诊断。