单纯性肾囊肿是肾脏的良性疾病，既往一直认为单纯性肾囊肿是不会影响肾功能的，但最近的研究显示有肾囊肿的患者较没有肾囊肿患者的血肌酐水平要高，而且囊肿的数目越多，肌酐水平越高，因此单纯性肾囊肿的患者应定期进行复诊，检查肾囊肿的大小及血肌酐水平的变化。

另外，单纯性肾囊肿与多囊肾是两种疾病，多囊肾是一种遗传性疾病，往往会导致尿毒症，这两个疾病需要区分对待。