单纯性肾囊肿大部分不需要治疗，定期复查或密切监测即可。但当囊肿直径大于4-5cm 可以考虑治疗，较小的囊肿可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法。将囊肿内的液体完全抽出，然后注入硬化剂，从而使得囊壁不再分泌液体，从而达到治疗的目的，但该方法复发率较高，而且对囊肿的大小、位置均有较高的要求，受到了一定的限制。对于直径较大的囊肿，或囊肿位于不宜穿刺的部位，临床上可以通过腹腔镜下囊肿去顶减压的手术方式治疗。若囊肿出血、发生癌变或一些复杂性囊肿则需进行手术治疗。