轻至中度的原发性肥胖，可没有明显的自觉症状。重度的肥胖症患者，可能会出现怕热、活动能力降低，甚至活动时有轻度气促，睡眠时打鼾。肥胖症患者发生冠心病、高血压的几率，明显高于非肥胖者。肥胖症患者肺活量降低，且肺的顺应性下降，可导致多种肺功能异常。

比如肥胖性低通气综合征，临床表现以嗜睡、肥胖、肺泡性低通气为特征，常常伴有阻塞性睡眠呼吸困难，严重的肥胖症患者可以出现肺心综合征。肥胖症患者糖脂代谢紊乱，如果是脂代谢紊乱就会出现高甘油三酯血症、高胆固醇血症等。如果是糖代谢紊乱，就表现为糖耐量异常和糖尿病。此外，肥胖症患者还容易出现关节炎、痛风、骨质疏松。

肥胖症患者多伴有性性功能减退，部分肥胖症男性患者会出现乳腺发育；而肥胖女孩月经初潮提前，成年女性肥胖症患者常常有月经紊乱，甚至严重者发生闭经，多囊卵巢综合征的发生率，也比非肥胖症患者明显升高。