支原体脑炎的后遗症可能会包括头痛、头昏，智力障碍，继发性癫痫，脑水肿，肺部感染等等。支原体脑炎在所有的脑炎类型中相对比较少见。患者可出现脑炎的典型症状，包括发热、头痛、精神症状等等。

患者需要通过头颅CT、头颅核磁共振、脑电图、脑脊液培养等检查明确诊断。诊断明确后，应尽早的给予抗支原体的抗菌药物进行治疗。常用的药物包括红霉素以及阿奇霉素。如果患者能够得到及时的治疗，则有可能痊愈。但是如果患者治疗不及时，则有可能会形成上述的后遗症，从而影响患者正常的生活。