慢性肾衰竭的病因主要有原发性与继发性的肾小球病变，继发性肾小球病变包括糖尿病肾病、高血压肾小动脉硬化、狼疮性肾炎等，还包括肾小管间质性的病变，如慢性肾盂肾炎、慢性尿酸性肾病、梗阻性肾病、药物性肾病等，此外还包括肾血管病变、遗传性肾病等。

在发达国家，糖尿病肾病、高血压肾小动脉硬化已经成为慢性肾衰竭的主要病因，而在发展中国家，这两种疾病在慢性肾衰竭各种病因中，仍位于原发性肾小球肾炎之后，但近年也有明显增高的趋势。