多囊肾患者出现肾结石，应该与非多囊肾患者的肾结石治疗方法相同，鼓励患者多饮水，如果结石有症状，可以采取体外震波碎石或者经皮肾切开取石，它的治疗原则主要包括肾绞痛的治疗、排石治疗、溶石治疗或手术治疗，以及预防复发的治疗，肾绞痛发作时主要是应该注射解痉止痛药物，常用的药物有山莨菪碱和阿托品或者是阿托品加哌替啶或者是吗啡，排石治疗主要是通过大量饮水、适当活动，并辅助一些解痉药物将结石排出，而手术治疗针对于无尿以及肾后性急性肾衰竭的患者，或者结石直径大于一厘米的患者，或者是排石治疗无效的患者，尤其仍有肾绞痛发作的时候。而全身代谢紊乱，是肾结石形成的重要原因之一，因此结石被清除之后仍有复发的可能。 所以预防复发应该是多饮水，保证每日尿量达到2000到2500毫升，并且尽量避免饮茶和咖啡，调整饮食习惯，并且治疗全身代谢性的异常，如高钙血症、高尿酸血症和胱氨酸尿症等等。