肌肉萎缩的最好治疗办法就是找到造成肌肉萎缩的原因，采取去除病因，然后通过综合的治疗手段来恢复肌肉的结构功能和肌力。比如是由于肌肉的损伤，炎症，感染等等原因导致肌肉结构出现了破坏，肌肉功能出现异常，长时间不能活动导致肌肉萎缩的，要对原发疾病进行积极的治疗，然后通过功能训练，来恢复肌肉的结构功能和力量。

如果是由于支配肌肉的神经出现了问题，比如下肢的肌肉萎缩有可能是由于腰椎间盘突出，腰椎管狭窄压迫下肢的神经根导致的，要对原发疾病进行积极的治疗。

再有比如中枢神经系统出现了异常，也就是大脑或者脊髓出现了问题，也可以导致肌肉出现萎缩，要对原发疾病进行治疗。再有一种就是废用性的肌肉萎缩，主要是由于长时间不活动制动休息造成的，一般通过后期的功能训练以及物理治疗，效果都是不错的。