肠镜检查毕竟是个有创的操作，在做检查之前，医生常规都会给患者谈到肠镜检查的大致的风险，主要的风险主要包括出血，最主要的原因是有时候做活检或者是在操作过程过于粗暴，可能引起肠道损伤出血、穿孔，这是肠镜检查中最为严重的并发症，但是现在随着肠镜检查技术的改善，上述的这些风险都得到有效的控制。

小肠镜的操作难度较大，一般是应用于小肠疾病的诊断，目前来说在平常应用的还是比较少。现在有胶囊内镜，但是胶囊内镜的最大不足是不能解决活检以及治疗的问题，从目前来说，它还是不可能代替普通的胃肠镜。而且胶囊内镜在检查过程中发现的问题，到时候还是得要做胃肠镜来进一步明确诊断。因此，从目前来说胶囊内镜以后的技术发展可能解决这些问题，但是目前胃肠镜的检查还是更多的广大消化患者首选的诊治方案。