肠镜检查时患者一般需要左侧卧位，露出臀部，如果需要做无痛肠镜检查者，术前需要做静脉麻醉，做好吸氧、心电监护的准备。医生通过肛门指检检查肛门，做好润滑准备，然后再进镜。做普通肠镜的患者，在做检查的时候应该要深呼吸，放松，配合医生，这样在做的过程中可以减轻患者的不适。在进镜的时候，尤其是在过弯的时候，患者可能会有些疼痛感，尤其是术后出现腹腔粘连，或者结肠弯曲过多的人，对疼痛敏感的人，可能会出现疼痛明显。这时候患者做检测的时候一定要放松，配合医生。

在检查过程中，医生可能会根据需求，要求患者翻身、改变体位等，其目的就是为了减轻患者的痛苦，因此做普通检查的患者一定要配合医生。做检查一般是先进镜，镜子到达了回肠末端以后，一般来说普通的肠镜最能达到的位置也到了，到了这个部位以后医生就开始退镜观察，依次观察回盲部、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠以及直肠。根据发现的病变，有时还可能做活检，甚至如果有些病人条件许可，也可以在镜子下直接做一些治疗。做普通肠镜检查一般耗时10-30分钟左右，无痛肠镜检查一般需要30分钟左右的时间。