一般来说，因为胃镜是一个有创的操作，需要操作者将镜子从患者的口腔插入，来到咽与食管交界的地方，这个位置是患者反应最大，最难受的位置。一般来说，进入在咽喉这个部位后，患者会出现呕吐、抵抗的情况，在这个时候操作者会嘱咐患者配合做深呼吸的动作，以减轻患者的紧张焦虑感，同时使胃镜的插入更方便。

镜子到了咽喉部以后，因为咽喉部的入口较小，一旦患者出现呕吐，会加重胃镜插入时对局部黏膜的摩擦，甚至会造成黏膜的损伤、出血。所以如果是患者在做检查的时候反应比较大，这时候做完以后可能会出现咽喉部疼痛感。在做检查的时候，如果患者因为紧张导致呼吸急促，有可能出现滴口水，呛到气管里，从而产生呛咳。这种反应跟每个人的敏感性有关，如果事先能够按照医生的要求去做，可以大大降低这种不适的感觉。