内镜检查是通过摄像头拍摄图像进行肉眼直接的形态学观察，包括脏器表面黏膜的光整度、色泽以及血管纹理是否有隆起、浸润性的改变、溃疡、出血、僵硬，动态观察收缩和蠕动情况等，并经活检明确病变的病理性质。

随着科学技术的发展，内镜与新技术不断结合，使得内镜的应用范围不断扩大，如内镜与染色或者窄带成像，也就是NBI技术结合，可以明确病变的范围，进行更准确的靶向活检。内镜与放大技术结合，有利于微小肿瘤，特别是早期胃癌的发现和诊断。内镜与超声技术结合，能判断肿瘤的性质、浸润范围以及邻近脏器和周围淋巴结转移的情况，还能判断肿瘤的起源、层次、大小和性质。内镜与X线造影结合，可以了解消化道狭窄的程度，内镜与共聚焦激光显微成像系统结合，可以得到放大1000倍的图像，能实时显示组织的显微结构，有助于内镜下做出组织学诊断，并指导靶向活检。ERCP（经内镜逆行性胰胆管造影）可以帮助诊断肝、胆、胰系统疾病的诊断。