胃间质瘤的病因并不清楚，但大部分胃间质瘤具有两个基因位点变化的，一个就是C-kit，还有一个是PDGFRA，这两个基因会出现突变，所以人体自身基因突变，是胃间质瘤主要病因。突变主要是跟环境或者其他的致突变的因素，比如除了环境以外，还有病毒、射线、污染物、化学药物等等，这些容易诱发基因突变，那么可能是胃间质瘤的一些病因。

胃间质瘤根据肿瘤的大小、细胞分化的水平，可以分为低、中、高危的复发风险。