眼部扁平疣主要是因为眼部破损，然后感染人类乳头瘤病毒HPV之后，长出来的皮肤赘生物。

如果本身其它部位，比如前胸、手背或者是面部皮肤有扁平疣，用手挠了眼部或者接触了眼部的皮肤之后，会容易导致眼部长出疣体；其次平时在家里和扁平疣患者混用毛巾，也会导致人类乳头瘤病毒的相互接触传播，从而导致眼睛扁平疣。