眼部的扁平疣在整形科通常会用直接去除的方法，会选择二氧化碳的方法直接烧灼掉，会形成一个小创面，过几个小时会形成小痂皮，在治疗后的5-7天会掉痂，在这个过程中需要注意眼睛不要沾水，等痂掉之后再沾水，这种方式非常有效，而且非常安全，不会导致治疗后形成瘢痕。

此外还有一些药物治疗的方法，比如口服抗病毒的药物、用干扰素凝胶，还可以通过提高身体免疫力的方法，进一步的治疗扁平疣。