治疗扁平疣可以应用外用药物，比如维甲酸软膏、干扰素凝胶等等。物理治疗包括液氮冷冻和二氧化碳激光治疗，还有电离子。物理治疗是最直接和最快速的一种方法，比较严重的扁平疣还需要口服药物，或者是提高自身免疫力，来进行更进一步的治疗。