灼口综合征的发病通常是渐进的，没有已知的促发因素或行为，病因极其复杂。目前认为可能的诱发因素有局部、系统、精神和神经因素等多种方面。

传统的观点认为精神因素占突出位置。局部因素则包括残根残冠、真菌感染等；全身因素包括更年期综合征、糖尿病、医源性菌群失调、维生素缺乏等。目前发病机制尚不明确，更倾向于被认为是神经性疼痛的一种形式。