在医生指导下规律服药，定期检查，预后良好。急性非复杂性的感染使用抗生素后，90%可治愈。在菌尿转阴后第2周和第6周各复查一次，仍为阴性，或虽然细菌尿阳性但是为重新感染者，则认为原来的尿路感染已治愈，约10%可转为持续性细菌尿和反复再发。

而慢性肾盂肾炎的预后，很大程度上取决于，患者是否有导致发病的易感因素。另外与是否及时、有效治疗有关。若无明显的易感因素，慢性期也可获得较好疗效而不易再发；反之，如果明显的易感因素，急性期则难以治愈，慢性期疗效更差，且常发，影响肾功能而预后不良。