消化道穿孔，最主要的并发症是合并腹腔感染，正常的消化液内定植着很多细菌，我们叫做正常菌群。这些正常菌群平时是存留在消化道内，不会进入腹腔，而我们的腹腔是绝对无菌的，当出现消化道穿孔，这些消化道内的细菌就会通过消化液一起进入腹腔，造成腹腔的感染。

所以消化道穿孔的手术最主要的目的是两个：一个是进行穿孔的修补，另外一个就是进行腹腔的冲洗，将腹腔内的细菌冲洗干净，预防腹腔的感染，消化道穿孔的另外一个常见的并发症是肠粘连，因为消化道穿孔以后，消化液进入腹腔会导致炎性反应，炎性反应会导致大网膜对炎性反应进行包裹，包裹的过程中有可能会形成一些粘连带，这些粘连带就很可能会造成粘连性的肠梗阻。