引起胎儿畸形的原因较多，并不是单纯的缺乏什么，像由于在怀孕时期，妈妈接触到了放射线，还有化学物质，吸烟、喝酒，在孕期感染有一些病毒，比如风疹、弓形虫、梅毒，还有孕妇在妊娠期合并有高血压、糖尿病等都会导致胎儿发生有畸形的风险。

另外也与遗传物质的异常有关系，包括父母的染色体异常，父母携带有突变的基因，在受精卵形成的时候发生染色体的分离异常，或者基因突变，也会导致胎儿的畸形；胎儿的畸形与叶酸缺乏也是有一定关系的。