在怀孕时期，脐带囊肿的形成原因尚不明确。有的研究发现，脐带囊肿可能是脐带畸形发生的一种原因。在孕中期的时候，脐带囊肿有的是胎儿的染色体发育异常所导致的。脐带囊肿可以分为真性囊肿和假性囊肿两种，真性囊肿它是囊壁有一层上皮细胞，包括其肠系膜管和尿囊管。而假性的脐带囊肿，囊壁上是无上皮覆盖的，由于包饶脐带的华腾胶局部水肿，或者局部蜕变形成的囊腔内囊液，较真性囊肿更为常见。