川崎病的发生率并不是很高，北京的调查数据显示，发病率是每十万人有51个人会发病，这是2004年的一个数据， 对于亚洲人或者是有亚洲血统的这些人来说，发病率高于其他种类的人， 而且男孩是多于女孩的， 男孩与女孩的比例是1.5：1， 80%-90%的病例发生在五岁之前，六个月以内发病的确实很少见，说明母亲提供给孩子的免疫力是相当有用的。

一般有川崎病家族史的人，发病率更高， 兄弟姐妹中有病史的人，其发病率比父母患病的人还要高出十倍， 川崎病大多发生在冬季和夏季。