目前儿童孤独症的病因尚不十分明确，但是近期研究都集中在遗传基因，神经发育，神经生化，免疫以及病毒感染这些方面。并且越来越多的证据表明，遗传因素在孤独症的发病中起着非常重要的作用。 但是胎儿期的病毒感染，风疹病毒，巨细胞病毒，这些也认为可能和孤独症的发病是有关系的。另外还有一些免疫系统的异常，还有像围产期的一些感染，或者是致病因子的影响，对孩子的发育都会有影响。