结肠炎的治疗，主要是取决于引起结肠炎的病因。在临床上，结肠炎的病因主要有：

第一类就是自身免疫性疾病引起的，一般是选用相应的药物治疗，比如溃疡性结肠炎，常用氨基水杨酸类、抗生素为基础用药，为第一阶梯，对此治疗无效者，特别是病变较广泛者，改用全身激素，此为第二阶梯；于轻度的溃结，第一二阶梯用药可以控制病情，那么难治性溃结的话，就可以采取免疫抑制剂、生物制剂等升阶梯的用药，当药物治疗无效以后，自身的免疫性肠病、溃结引起的中毒性巨结肠，或者是继发恶变时，应该及时采用手术治疗。

第二类是感染性的肠炎，主要与病人进食不洁的食物有关，在用药前要到医院做大便常规的化验、细菌培养，以便根据生长细菌的种类选用适当的抗生素。

第三类是缺血性结肠炎，需要禁食，可选用抗生素预防感染，严重的如有肠穿孔或者是腹膜炎的体征，应该及早行剖腹探查术。

第四类为伪膜性的肠炎，选用针对病因有效的药物，如甲硝唑、万古霉素等。恢复期口服肠黏膜保护剂与微生态的调节剂，可以加速控制腹泻。还有大肠的水疗可以彻底清洗结肠，排出毒素、纠正腹泻、调节肠道菌群失调、恢复大肠黏液分泌的功能，还需配合补液、维持水电解质平衡、维持心输出量、肠外营养等对症支持治疗。