直肠炎的药物治疗，应根据其原发病因和病情来选择，一般分为对因治疗和对症治疗。如果直肠炎是由于慢性细菌感染导致的，就需要口服敏感的抗菌药，一般临床上常用的有甲硝唑、阿莫西林、喹诺酮类等药物或者是头孢类。如果是溃疡型的直肠炎，一般需要服用水杨酸制剂或者是皮质类固醇制剂，如柳氮磺、氢化可的松。如果是局限性的直肠炎，就使用肾上腺皮质激素，在急性期控制症状，用柳氮磺以维持或者使用免疫抑制剂等。另外，患者还需要修复肠道黏膜，如口服谷氨酰胺肠溶胶囊等。