自体干细胞移植它的前期，是通过把自身的造血干细胞把它冻存起来，随后进行大剂量的化疗，最大限度的清除他体内的残留肿瘤细胞，再将冻存的造血干细胞复温回输，达到恢复造血的功能。适用于血液系统的疾病，比如说多发性骨髓瘤、恶性淋巴瘤、低危急性白血病等。还适用于自身免疫系统疾病，比如说系统性红斑狼疮、强直性脊柱炎等。

另外对于化疗敏感的实体瘤，比如说小细胞肺癌、乳腺癌等，特别是血液科的小于65岁的多发性骨髓瘤患者，目前只要前期化疗达到部分缓解，就应该考虑自体干细胞移植，能通过自体移植获益。对于有条件的患者，还可以行二次移植，对患者生存期有很大的改善。