慢性结肠炎如果要是想根治的话，我们首先也是要明确慢性结肠炎的病因。所以明确病因是最最首要的，我们治疗也是要根据病因来治疗，对于一些感染性因素引起来的慢性结肠炎，我们首要的治疗可能就是要清除这些感染源，来达到根治的目的，比如细菌的感染，我们需要抗炎治疗、抗感染治疗。还有一些比如说结核菌的感染引起来的，慢性的腹泻，这些症状，那我们最终的根治处理是需要抗结核治疗。

那么还有一些比如自身免疫性的疾病、继发的慢性腹泻、慢性结肠炎，那我们最终的治疗是需要治疗他的全身免疫系统的疾病，可能会用到一些激素类的药物或者免疫制剂，那么自身免疫性的疾病治疗好了，那么他肠道相应的症状也会减轻，会得到治疗。

那么还有一些是情绪、精神相关的疾病引起来的慢性结肠炎，或者是一些肠道功能紊乱性的疾病，那么我们也可以用一些相应的特殊药物来治疗这类的疾病。总之不同的病因是有不同的根治的办法，咱们都需要通过专科医生的诊治来明确病因，最终寻找最直接最有效的根治办法。