常见的引起霉菌性食管炎的主要原因是抵抗力下降，或者长期使用抗生素引起的。治疗方面因病因的不同，治疗方式也有所不同。临床上常见的治疗药物就是，如果免疫力低下的患者需要服用一些增强免疫力的药物来进行治疗。也可以用中医的方法进行治疗。

另外是抗真菌治疗，在饮食方面也要注意以清淡，易消化，营养丰富的食物比较好，不能吃肥甘厚腻、辛辣刺激、油炸、烧烤、生冷等难以消化的食物。