甲状腺囊肿是有可能会癌变的。首先甲状腺囊肿，可由结节性甲状腺肿、桥本氏病、甲状腺腺瘤、甲状腺滤泡癌等多种甲状腺疾病，经过变性、液化、出血而形成，是甲状腺疾病的常见病之一。

人群中至少有4%的人，可以触及大于一个厘米的甲状腺结节。而甲状腺结节中，大约有5%到20%是为囊性的。有统计显示，即使是良性病变引起的囊肿，当个体直径大于4个厘米时，也有大约4%-5%的癌变率，因此甲状腺囊肿是有可能会癌变的。