5-8%的患儿可出现肠套叠复发，灌肠复位比手术复位的复发率更高，复发的表现跟初次发作没有特别差异，都主要表现为腹痛、呕吐、血便或腹部可扪及到套点样的肿块。腹痛主要是阵发性的腹痛，可持续数分钟或更长时间，伴有面色苍白。呕吐物为乳块或食物残渣，可含有胆汁，晚期可吐粪便样液体。血便可以出现果酱样粘液血便。