临床上仅有很小一部分的小儿肠套叠可自行复位，大部分的情况在90%以上的情况都需要紧急的复位，复位可分为灌肠疗法和手术治疗。灌肠疗法是指肠套叠在四十八小时之内，全身状况良好，腹部不胀，无明显脱水及电解质紊乱的情况下。可以采取空气灌肠、气钡灌肠等疗法。在病程已经超过四十八小时，全身情况差，有脱水、精神萎靡、高热、休克等症状，然后高度的腹胀等等情况下需要采取手术治疗。