肠套叠是因为近端肠管套入远端肠管内，它的原因是因为婴幼儿回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，是发生肠套叠的结构上因素，百分之五的病例继发于肠息肉、肠肿瘤、肠重复畸形、腹型紫癜等疾病引起的肠管增厚。然后饮食改变、病毒感染及腹泻可以诱发肠套叠的出现。