肠套叠分为原发和继发两种，95%为原发病例，多见于婴幼儿，是因为婴幼儿回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，是容易发生肠套叠的结构上因素，5%继发性病例多为年长儿，发生肠套叠的肠管多有明显的器质性的病因，如美克尔憩室翻入回肠腔内，成为肠套叠的起点；肠息肉、肠肿瘤、肠重复畸形、腹型紫癜，致肠壁肿胀增厚，也可以引发肠套叠。