肠套叠分为原发性和继发性两种，95%为原发，多见于婴幼儿，婴儿回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，是易发生肠套叠的结构性因素。5%的继发性病例多见于年长儿，发生肠套叠的肠管多有明显的器质性病变，如Meckel憩室翻入回肠腔内，成为肠套叠的起点；肠息肉、肠肿瘤、肠重复畸形、腹型紫癜致肠壁肿胀增厚，均可牵引肠壁发生肠套叠，还有促发因素可导致肠蠕动的节律发生改变，从而诱发肠套叠，如饮食的改变、病毒感染及腹泻等等。