肠套叠分为原发和继发两种，95%为原发，多见于婴儿，是因为婴儿回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，是容易引起肠套叠的结构上因素。5%的继发性病例，多为年长儿，年长儿发生肠套叠的肠管多有明显的器质性原因，如美克尔憩室翻入回肠腔内，成为肠套叠的起点；肠息肉、肠肿瘤、肠重复畸形、腹型紫癜，致肠壁肿胀增厚可以引发肠套叠。另外有些促进因素，可以导致肠蠕动的节律发生紊乱，从而诱发肠套叠，如饮食改变、病毒感染及腹泻等，可以诱发肠套叠的发生。