肠套叠的病因分为继发性和原发性两种，95%为原发性，多见于婴幼儿，是因为婴儿回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，是引起发生肠套叠的结构上因素，5%继发性的病例，多为年长儿，发生肠套叠的肠管有明显的器质性改变，如肠息肉、肠肿瘤、肠重复畸形、腹型紫癜等致肠壁肿胀增厚，可引起肠壁发生肠套叠，有些诱发因素，如饮食改变、病毒感染、腹泻等可诱发肠套叠的发生。