克罗恩病和肠易激综合征的最主要的区别是：克罗恩病为一种器质性疾病，而肠易激综合征则是一种功能性的疾病。

克罗恩病需要使用美沙拉嗪等等药物进行治疗，必要的时候需要使用免疫抑制剂等等，或者说需要使用一些单克隆抗体药物进行治疗，比如英夫利昔单抗；然而肠易激综合征，则需要使用肠道的双向调节剂，以及肠道的有益菌进行治疗，比如马来酸曲美布丁以及蜡样芽孢杆菌等等。总之，两者的主要区别是一个是器质性疾病，一个是功能性疾病。