尖锐湿疣的治疗是个难点，它复发率很高，要想彻底根治的话，必须采取综合治疗。目前尖锐湿疣治疗还是以局部去除增生性疣体为主，比如直径小于十个毫米的生殖器疣，可以采用药物外涂进行治疗；对一些巨大的尖锐湿疣，可使用疣体整个或分批的切除治疗。 还可以使用如二氧化碳激光，它可以采用烧灼法治疗尖锐湿疣，对一些单发的可一次性治疗。

其他的要治疗诱因，有些尖锐湿疣是一些诱因存在的，这些诱因必须要去除，如一些包皮过长、阴道炎、包皮龟头炎等，要及时的治疗。 还有要提高身体的免疫力，一般情况下，如果反复发作，可以使用免疫疗法进行治疗。