肛瘘引起疼痛的原因主要是由于肛瘘属于严重感染性病灶，急性发作期间，局部炎症刺激，所以会形成局部外口的疼痛或者瘙痒，并且有分泌物从外口流出。

缓解肛瘘疼痛，首先可以选择涂抹抗炎消炎的软膏，进行短暂的缓解症状治疗，同时还需要注意保证肛门局部的清洁卫生，可以使用痔疮栓肛塞给药，来缓解肛管肠道的炎症。

但是肛瘘的疼痛彻底治愈，除了保守用药以外，更需要进行手术治疗，肛瘘的手术方式主要是肛瘘切开挂线手术，将局部的感染灶彻底去除干净，才能使得肛瘘痊愈，不会出现疼痛的反复发作。