肛瘘的治疗方法主要是手术，手术主要通过局部皮筋挂线，将肛瘘病变位置进行切除或者是退除，但是挂线以后可以保留肛门局部扩约肌正常的收缩功能，避免过度切除而导致括约肌松解，或者是出现肛门过度松弛，随着术后局部括约肌自然修复以及皮筋的脱落，才能保证局部伤口恢复。

肛瘘手术以后还需要对局部伤口做好引流和消毒，可以每天在肛门局部伤口上附着油纱条以及换药的消炎类药物，起到消炎和引流的作用，避免出现局部假性愈合。