伤寒病变最明显的部位是肠道，比较容易出现肠出血和肠穿孔的情况。其中，肠出血为常见的并发症，发生率为2.4%-15%，多见于病程的第二周，少量出血，可无症状，或仅有轻度的头痛、脉搏增快，大量出血的时候热度骤降，脉搏变得很快，体温和脉搏呈交叉的现象，并有头晕、面色苍白、烦躁、出冷汗以及血压下降等休克的表现。有腹泻者，并发肠出血的机会比较多一些。

然后还有肠穿孔，肠穿孔经常表现为右下腹剧痛，伴有恶心、呕吐、出冷汗、呼吸急促、意识模糊以及体温和血压都下降。