新生儿肠炎可出现腹泻和血便，开始为水样便，病情厉害者可出现血样便，为鲜血、果酱样和黑粪。患儿常常出现呕吐，呕吐物呈咖啡样或者带胆汁。新生儿肠炎还可以出现腹胀，或肠鸣音减弱，患儿先有胃排空延迟，胃潴留，随后出现腹胀，严重病例者腹胀如鼓，肠鸣减弱甚至消失。肠炎还可以并发全身症状，常常表现为反应差、神志萎靡、拒食，严重者可以出现面色苍白、青灰，四肢厥冷、休克、酸中毒、黄疸加重等表现。