当伤寒杆菌随血流进入肝脏、脾脏、胆囊、肾脏和骨髓以及回肠末端的孤立淋巴结的时候，并继续在吞食的细胞内大量增殖，再次进入血液引起了第二次严重的菌血症，并释放了强烈的内毒素，导致了显著的脓毒血症。其临床表现为患者出现发热，以及全身不适的临床症状，出现了皮肤玫瑰症和肝脏、脾脏肿大的体征，这时候相当于病程的第一到二周，也是伤寒皮疹出现的时间。