肛瘘患者是必须进行手术的，因为治疗肛瘘的唯一方法就是手术，单纯外用药物治疗只能缓解局部感染性的症状，并不能彻底治愈，可以使用抗炎软膏对外口进行涂抹，或者肛门内塞入消炎类栓剂，但是即使在用药物，局部的感染灶以及瘘管壁也会存在，所以肛瘘必须通过手术治疗才能达到完全愈合。

手术的方式主要是在保留肛门局部括约肌功能的前提下，对局部的感染灶以及瘘管壁进行去除，并且术后保证伤口的引流通畅以及换药，才能使得伤口正常的生长，避免肉芽过度增生而引起局部的假性愈合。