肛瘘的根治方法主要是以手术为主，肛瘘的手术方式选择肛瘘切开挂线手术，主要是利用结扎线或者是皮筋将局部括约肌进行挂线，从而起到慢性切割以及引流分泌物的作用。肛瘘属于肛门局部感染性的病灶，其手术的根本原理是通过切开挂线，将局部的瘘管以及瘘管壁彻底去除干净，将局部感染灶去除干净以后，才能使得新鲜的肉芽重新生长。肛瘘由于局部病变位置较长，所以术后伤口的换药和引流非常重要，可以每天用碘伏对局部伤口进行消毒，并且使用油纱条进行加压引流，来促进局部分泌物的流出。