漏斗胸的病因目前不完全明确，但是发现漏斗胸的患者在结缔组织病患者中会大量增高，可能跟影响漏斗胸两侧软骨的生长基因和抑制基因的平衡被打破有关系。而且还发现，在马凡综合征（也是结缔组织病的一种）和努南综合征的患者中漏斗胸的并发症也明显升高。对有先天性气道狭窄和支气管肺病变的患儿中，漏斗胸的发病率也大大增高。说明漏斗胸的病因跟遗传、跟基因有直接或者间接的关系，不管怎么说，漏斗胸的病因，后天的和先天性的因素都直接和基因、遗传有关系。