错颌畸形的发病原因，从大的方面分类，可以分为先天性的因素以及后天性的因素。先天性的因素通常是由于遗传因素生长发育所引起的，也就是说，在胚胎的时候，形成唇腭裂，造成部分牙槽突然发生裂开以后，导致牙齿萌出的方向以及位置出现异常，从而出现错颌畸形。

而后天性的原因则是比较多的，比方说扁桃体和腺样体肥大，导致呼吸不畅，从而出现口呼吸。另外咬舌、吐舌、偏侧咀嚼以及咬手指，都有可能引起错颌畸形。